Populasi Timor Timur pada tahun 1998, setelah 23 tahun, mencapai sekitar 855.409 jiwa. Namun, pada tahun 1999, jumlah penduduknya tiba-tiba melonjak menjadi sekitar 866.649 jiwa, sementara masih terdapat ratusan ribu orang yang tinggal di Nusa Tenggara Timur (NTT). Fenomena ini menimbulkan keraguan yang signifikan terkait validitas angka populasi tersebut.
Menurut pemberitaan media massa pada saat itu, diperkirakan sekitar 300.000 penduduk Timor Timur menuju ke Nusa Tenggara Timur (NTT) dan wilayah lain di Indonesia. Namun, menurut catatan dari FPDK terdapat kurang lebih sekitar 500.000 anggota pro otonomi yang juga menjadi acuan jumlah tersebut. Gelombang kepulangan sebagian penduduk Timor Timur mencapai puncaknya pada tahun 2002 dengan perkiraan jumlah lebih dari 100.000 orang. Oleh karena itu, jika melihat angka sensus tahun 1998 yang mencatat sekitar 855.409 jiwa, terdapat kekurangan sekitar 500.000 jiwa penduduk Timor Timur, yang berarti jumlah penduduk Timor Leste saat itu berkisar 300.000 jiwa. Namun, pada tahun 1999, jumlah populasi tiba-tiba melonjak menjadi 866.649 jiwa dengan penambahan sekitar 11.240 jiwa. Sementara itu, masih terdapat sekitar 300.000 penduduk di Nusa Tenggara Timur. Oleh karena itu, validitas angka populasi tersebut menjadi dipertanyakan.
