Hari ini 28 tahun lalu terjadi insiden Santa Cruz di Dili, Timor Leste pada 12 November 1991. Akibat insiden tersebut, 19 orang dinyatakan tewas dan 91 lainnya mengalami luka. Peristiwa ini dilatarbelakangi oleh dibatalkannya kunjungan delegasi dari anggota parlemen Portugal dan 12 wartawan internasional oleh pemerintah Indonesia. Pembatalan tersebut memantik kekecewaan dari mahasiswa pro-kemerdekaan dan membuat situasi memanas, sehingga menewaskan dua orang aktivis, yaitu Afonso dan Sebastio Gomes. Harian Kompas, 28 November 1991 memberitakan, seusai misa untuk memperingati kematian Gomes di Gereja Motael yang dihadiri sekitar 1.500 orang, sebagian jemaat meloncat pagar, menggelar spanduk anti-integrasi serta meneriakkan yel-yel yang menghina ABRI dan pemerintah.
Sementara itu, di kuburan St Cruz sekitar 2 ribu massa telah berkumpul. Untuk mencegah bergabungnya massa yang datang dari Gereja Motael dan massa di kuburan St Cruz, dikerahkan dua peleton dari Yonif 303 dan satu peleton dari Yonif 744, serta satu peleton Brimob anti huru-hara. Namun kemudian terjadi proses penggabungan massa. Sebagian dari massa yang ada di kuburan bergerak ke luar, bergabung dengan massa yang berada di luar serta melakukan gerakan agresif dan menyerang aparat.
Pada saat itu, terdengar letusan tembakan dari arah kuburan dan suara teriakan "serbu, rebut senjata." Satuan pengamanan melepaskan tembakan peringatan ke atas, tetapi massa tidak memperdulikan tembakan peringatan tersebut, malahan menjadi lebih beringas. Massa terus mendesak dengan senjata tajam di tangannya, dan melemparkan sebuah granat ke arah satuan pengamanan. Melihat adanya lemparan granat dan massa masih tetap menyerbu, maka prajurit terdepan sebagai prajurit profesional, secara otomatis melepaskan tembakan terarah sebagai upaya untuk membela diri. Akibatnya, 19 orang tewas dan 91 orang lainnya luka-luka akibat terkena tembakan pasukan, terjatuh, dan terinjak-injak massa. Sekitar 200 orang pemuda yang lari dari St Cruz berusaha meminta perlindungan di kediaman uskup. Meski menolak, masih ada sekitar 80 orang yang berhasil masuk. Karenanya, uskup pun terpaksa mengantar sendiri ke rumah masing-masing selama dua jam dengan sebelas trip kendaraan.
Panglima ABRI Jenderal TNI Try Sutrisno saat itu menegaskan, ABRI terpaksa melepaskan tembakan terhadap massa dalam insiden di Dili 12 November, sebagai upaya membela diri. "Bayangkan apa yang akan terjadi kalau sampai ada peleton yang dilucuti massa, dan senjatanya dibawa lari. Bagaimana memperolehnya kembali? Bukankah korban yang jatuh akan lebih banyak?" kata Sutrisno. Untuk merespons insiden itu, Presiden Soeharto membentuk Komisi Penyelidik Nasional (KPN) di bawah pimpinan Hakim Agung M Djaelani.
Penunjukan M Djaelani tersebut dinilai banyak kalangan sebagai keputusan tepat dan patut disambut dengan baik, seperti dikutip dari Harian Kompas, 19 November 1991. KPN pun mulai bekerja dengan menelusuri rute pengunjuk rasa dan mewawancarai beberapa orang. Tragedi Santa Cruz tersebut banyak mendapat sorotan dari media asing. Mereka menganggap bahwa pemerintah Indonesia banyak terkesan menutup-nutupi insiden itu. Harian Kompas, 4 Desember 1991 memberitakan, PBB berencana mengirim utusannya guna merundingkan syarat-syarat bagi kemungkinan misi PBB ke Dili untuk menyelidiki insiden tersebut. Rencanan PBB itu mendapat sambutan beragam. Kapupspen ABRI Brigjen Nurhadi Purwosaputra mengatakan, ABRI tidak mau ada campur tangan asing dalam menyelidiki insiden Santa Cruz itu.
Sementara itu, Sekjen DPP Golkar Rachmat Witoelar dan Ketua Umum DPP PPP Ismail Hasan Metareum mengemukakan, pengiriman misi penyelidik PBB ke Dili itu tidak perlu dilakukan, mengingat Pemerintah Indonesia sendiri tengah berupaya melakukan penyelidikan melalui KPN. Sebaliknya, Gus Dur yang saat itu menjabat sebagai Ketua PBNU menganggap bahwa kedatangan PBB untuk mencari informasi mengenai peristiwa Dili tidak perlu ditanggapi dengan apriori. "Wajar jika pemerintah tidak setuju campur tangan asing, tetapi sebelum mengetahui persis apa tugas utusan PBB tersebut, jangan cepat-cepat menolak. Kalau mereka sudah mengaduk-aduk masalah intern, itu lain masalahnya," kata Gus Dur.