Referendum tersebut meliputi 3 pilihan, yakni:
1. Menjadi daerah otonom dalam federasi Portugis
2. Menjadi negara bebas dan merdeka
3. Menjadi bagian dari Indonesia
Satuan intelijen ABRI masuk Timor Portugis untuk mendalami apa yang terjadi disana. Muncul tiga partai politik di Timor Timur dengan pandangan politik yang berlawanan yakni, UDT, Fretilin dan Apodeti. Konflik bersenjata tak terhindarkan.
Kemudian menjadi tegas bahwa UDT+Apodeti (ingin integrasi dengan Indonesia) VS Fretilin (ingin negara bebas dan merdeka).
Rencana pemerintah baru Portugal dengan referendum, ditolak oleh Fretilin. Ya, di tahun 1975, Fretilin menolak diadakannya referendum.
Persaingan antara tiga partai tersebut menjadikan konflik berdarah yang berkepanjangan. Pengungsi Timor Portugis memasuki wilayah NKRI. Serangan terbatas pihak ABRI dan partisan dilancarkan. Selanjutnya UDT + Apodeti yang inginkan integrasi meminta bantuan ke Indonesia. Deklarasi Balibo dilakukan setelah Fretilin umumkan RDTL.
Dengan gerak cepat, akhirnya ABRI dan koalisi partai tersebut, menyerbu Dili 7 Desember 1975. Fretilin menyingkir dari kota-kota karena kalah pertempuran dengan ABRI. Secara perlahan, 1975-1978, ABRI mensekat/lokalisir kekuatan Fretilin ke gunung-gunung menjauh dari rakyat agar pembangunan gaya Orde Baru dapat dilaksanakan.
Kematian Lobato, Des 1978, menjadi simbol berakhirnya Operasi Seroja...